El pasado 23 de agosto de 2026 entró en vigor el Reglamento de Ejecución (UE) 2025/179 de la Comisión, de 31 de enero de 2025, relativo a la recogida y transmisión de datos analíticos moleculares en el marco de las investigaciones epidemiológicas de brotes de enfermedades transmitidas por los alimentos.
Dicha norma obliga a las Autoridades Competentes responsables de la investigación de los brotes de enfermedades transmitidas por los alimentos a realizar las correspondientes pruebas de secuenciación de los aislados de Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Campylobacter jejuni y Campylobacter coli procedentes de muestras tomadas de los alimentos sospechosos o del entorno relacionado, como resultado de esas investigaciones. Siempre conforme a la Directiva 2003/99/CE, sobre la vigilancia de las zoonosis y agentes zoonóticos.
Los enormes y constantes avances de la ciencia en general, y de la biología molecular en particular, permiten cada vez conseguir mayores progresos que favorezcan el objetivo último de incrementar la salud y el bienestar de la sociedad.
La secuenciación genómica es un proceso científico muy avanzado y complejo que permite descifrar el código de secuencias de bases nitrogenadas (A, T, C, G), que componen la cadena de ADN de un organismo. Sería algo así como determinar la huella dactilar del mismo.
Aplicado a la seguridad alimentaria, este proceso nos permite descifrar el código genético completo de los principales microorganismos patógenos, fundamentalmente bacterias y virus, que pueden ser vehiculados por los alimentos y generar enfermedades de mayor o menor gravedad.
La herramienta, denominada “Secuenciación del Genoma Completo”, (“Whole Genome Sequencing”, WGS), tiene como fin la determinación precisa del genoma “completo y detallado” del microorganismo. Es decir, que no sólo se trata de determinar el género y especie del organismo implicado, sino, a mayores, de secuenciar su genoma completo y, por tanto, el “individuo” concreto del que se trata, con el consiguiente interés por determinar el origen exacto, así como la rastreabilidad.
El proceso completo consta de las siguientes fases:
- Extracción y aislamiento del ADN, por medio de la rotura de las paredes celulares y la purificación de aquél, tras la eliminación de proteínas, grasas y otras moléculas y residuos sobrantes.
- Fragmentación e Indexación del ADN, o “Preparación de la Biblioteca”. Puesto que es una molécula demasiado larga y pesada para poder ser leída con los equipos de los que se disponen actualmente, se procede a su fragmentación en trozos más pequeños, con medios principalmente enzimáticos. Posteriormente, se “indexan”, mediante la adición de unos adaptadores sintéticos en los extremos de los fragmentos, que actúan como códigos para poder identificar con exactitud a qué muestra pertenece cada fragmento, lo que permite la secuenciación de muchas muestras al mismo tiempo.
- Secuenciación en sí. La tecnología principalmente utilizada hoy en día para la lectura se denomina “Illumina”. Y, para que el equipo secuenciador pueda detectar, mediante señal de luz, una base nitrogenada, la señal de una sola molécula de ADN sería demasiado débil. Por eso, se necesita amplificar cada fragmento individual hasta crear un «clúster» que emita la suficiente luz para que la cámara del equipo pueda fotografiarlo y leerlo. Como resultado de esta fase, el equipo lee ópticamente o mediante señales eléctricas cada una de las letras (nucleótidos) de los millones de fragmentos en paralelo, generando igual número de lecturas de texto digital conocidas como “reads”.
- Análisis bioinformático. Una vez finalizadas las etapas anteriores, conocidas como “fase húmeda” del proceso, resta un complejo estudio informático, mediante el cual potentes ordenadores procesan, utilizando un software especializado, los millones de fragmentos de texto o reads desordenados, obtenidos en las fases anteriores.
Los principales responsables del desarrollo de este importante avance científico fueron Eric Brown y Marc Allard, de la FDA (Food and Drug Administration), quienes lideraron el desarrollo de una gran base de datos genómica pública (Genome Tracker Network), permitiendo secuenciar e identificar con precisión los principales microorganismos patógenos detectados en alimentos. Ello ocurrió en el año 2012, para hacernos una idea de lo reciente de esta técnica. En 2013, la agencia federal CDC (Centers for Disease Control and Prevention), adoptó la secuenciación genómica como estándar para investigar brotes, logrando conectar de forma inequívoca infecciones humanas aisladas con alimentos contaminados, lo cual resulta ser la clave en dichas investigaciones.
Pero hubo unos investigadores previamente responsables del diseño de las técnicas, en concreto Balasubramanian, Klenerman y Mayer, quienes desarrollaron los principios de la secuenciación masiva en paralelo, que es la tecnología base antes mencionada de “Illumina”. Su trabajo hizo posible secuenciar muchos genomas bacterianos completos de forma rápida y barata, algo estratégico para la respuesta inmediata ante crisis y brotes.
El avance en la mejora de la seguridad alimentaria es enorme, pues tiene como resultado resolver los brotes de enfermedades de manera mucho más rápida, lo que, desde el punto de vista epidemiológico, permite descubrir las causas que lo motivaron, la rastreabilidad delos agentes que lo causaron y establecer medidas para que no se repitan.
Así, como conclusión, la secuenciación permite el rastreo e investigación de brotes de manera precisa y, sobre todo, rápida (sin tener que acudir a los tradicionales cultivos de microorganismos).
Tiene gran utilidad, también, en la faceta preventiva de la seguridad alimentaria, al permitir el mapeo y detección temprana de la contaminación ambiental y de superficies en industrias.
Finalmente, es también muy útil para la monitorización de las resistencias antimicrobianas (RAM), mediante la identificación de genes específicos de resistencia a los antibióticos.
La ciencia, en su imparable avance, al servicio, en este caso, de la salud pública, siempre bajo la estrategia “Una Sola Salud”.